Catapultado para a ribalta internacional por ser o ‘pai’ do Beagle 2, o primeiro rover europeu destinado à exploração de Marte, Pillinger acabou por amargar o fracasso desta missão em 2003. Lançado em Junho desse ano a bordo da missão Mars Express, da Agência Espacial Europeia (ESA, como é conhecida pela sigla em inglês), o Beagle 2 – baptizado assim em homenagem ao navio que levou Charles Darwin, no século XIX, a uma viagem pelo mundo fundamental para a elaboração da sua teoria de evolução das espécies – terá chegado à superfície marciana no dia de Natal desse ano, mas nunca chegou a comunicar.
O rover foi desenvolvido pelo grupo de Pillinger mas contava com a colaboração tecnológica de diversas empresas europeias para o desenvolvimento dos vários softwares que lhe regulavam as funções. Algumas dessas empresas eram portuguesas e colaboraram no desenvolvimento do software de aterragem.
O fracasso da missão foi decretado pouco depois, mas o sucesso da missão Mars Express – que obteve várias imagens de alta resolução da superfície de Marte, incluindo a do que terão sido antigos cursos de água no planeta – era inegável.