O tema das aparições de Fátima tem feito correr tinta nas últimas semanas, com a discussão sobre se foram antes visões imaginativas das crianças desencadeada por entrevistas a D. Carlos Azevedo ou o padre Anselmo Borges. Na missa em que foram canonizados Jacinta e Francisco, o Papa subscreveu a ideia popular de que Nossa Senhora "veio" à Cova da Iria e deixou uma nova mensagem sobre o entendimento da igreja sobre os acontecimentos de 1917. "A Virgem Mãe não veio aqui, para que A víssemos; para isso teremos a eternidade inteira, naturalmente se formos para o Céu. Mas Ela, antevendo e advertindo-os para o risco do Inferno onde leva a vida – tantas vezes proposta e imposta – sem Deus e profanando Deus nas suas criaturas, veio lembrar-nos a Luz de Deus que nos habita e cobre", disse.
Desde o ano 2000, quando a Igreja revelou o terceira parte do segredo de Fátima, que a Santa Sé não expunha publicamente a sua intrepretação sobre os acontecimentos de Fátima. Na altura, a análise foi feita por Joseph Ratzinger, na altura prefeito para Congreação da Doutrina da Fé. O futuro chefe da Igreja Católica, hoje Papa emérito, disse que as aparições aos pastorinhos foram uma "percepção interior", não uma experiência subjetiva, mas com o "toque suave de algo real que está para além do sensível". Ratzinger, sintetizando uma resposta ao signficado das três partes do segredo de Fátima, escreveu que são sobretudo uma "exortação à oração como caminho para a ‘salvação das almas’ e, no mesmo sentido, o apelo à penitência e à conversão.”
Se a análise de Ratzinger apontava para os deveres interiores dos católicos, Francisco põe a tónica nos deveres exteriores e fala do apelo à esperança e paz. Citando uma carta da irmã Lúcia de 1943, em que esta revelava que Nossa Senhora pediu e exigiu o cumprimento dos deveres, Francisco disse que foi desencadeada na Cova da Iria uma "mobilização geral contra esta indiferença que nos gela o coração e agrava miopia do olhar."
