Nasceu no Qatar numa família palestiniana com pergaminhos, que inclui políticos, escritores, ativistas, sendo o mais conhecido de todos Marwan Barghouti, antigo líder da Fatah que Israel condenou a cinco penas perpétuas por ações durante a Segunda Intifada.
Omar Barghouti é um produto da comunidade palestiniana no exílio. Cresceu no Egito, mudou-se para os Estados Unidos, onde se formou em Engenharia pela Universidade de Columbia, antes de se instalar em Israel, depois de casar com uma árabe-israelita – país onde ainda hoje reside.
Em Israel, entretanto, tirou um mestrado e um doutoramento em Ética na Universidade de Telavive e é membro fundador de dois movimentos que defendem o boicote a Israel: a Campanha Palestiniana para o Boicote Académico e Cultural a Israel, criada em 2004, e o Movimento Boicote, Desinvestimento e Sanções, lançado em 2005. Essa experiência levou-o a publicar, em 2011, o livro Boycott, Divestment, Sanctions: The Global Struggle for Palestinian Rights.
Opositor da solução dos dois Estados na questão israelo-palestiniana, Barghouti considera que só os palestinianos têm «direitos inalienáveis» à autodeterminação histórica da Palestina. Para o académico, os judeus israelitas só possuem «direitos adquiridos» por residirem no território. Barghouti considera mesmo que os judeus israelitas são uma população colonizadora e compara o sistema de Israel com o apartheid que a minoria branca manteve durante décadas na África do Sul.
Barghouti chega a ir mais longe, considerando que todos os palestinianos que participam em debates e parcerias artísticas no intuito do espírito de diálogo intercultural israelo-palestiniano são «culpados de cegueira moral e miopia política».
As suas posições radicais mereceram ameaças de muitos políticos israelitas, incluindo ministros, a ponto de em 2016 a Amnistia Internacional mostrar preocupação «pela segurança e a liberdade» de Barghouti.
