Manuel Clemente tem 64 anos e é natural de Torres Vedras, sucedendo ao cardeal patriarca José Policarpo.
Após concluir o curso secundário, Manuel Clemente frequentou a Faculdade de Letras de Lisboa pela qual se formou em História.
Ordenado sacerdote a 29 de Junho de 1979, ano em que se licenciou em Teologia pela Universidade Católica Portuguesa, Manuel Clemente doutorou-se em Teologia Histórica em 1992 e foi reitor do Seminário Maior dos Olivais.
O futuro Patriarca de Lisboa foi nomeado pelo papa João Paulo II para bispo auxiliar de Lisboa a 11 de Novembro de 2011, tendo tomado posse do cargo em Março de 2000.
Em 2007, o papa Bento XVI nomeou-o bispo do Porto, sendo, actualmente, vice-presidente da Conferência Episcopal Portuguesa (CEP), presidida por José Policarpo, e membro do Pontifício Conselho para as Comunicações Sociais.
O Presidente da República, Cavaco Silva, atribuiu-lhe a Grã-Cruz da Ordem de Cristo, tendo também sido distinguido em 2009 com o Prémio Pessoa.
Manuel Clemente foi ainda presidente da Comissão Episcopal da Cultura, Bens Culturais e Comunicação Social.