Mas há muitas outras alternativas de confecção do bolo-rei, para cativar paladares exigentes. Uma das mais famosas é o de chocolate, que tem o chocolate como principal ingrediente e não leva frutos cristalizados.
Há ainda o bolo-rei escangalhado, em que a massa é igual à tradicional mas que leva gila, podendo levar também fruta e chocolate; e o bolo-rei dourado, variedade produzida há 15 anos na pastelaria Marquês de Pombal, em Lisboa, em que a massa é a mesma, mas leva mais frutos secos por fora e fios de ovos no topo.
Recentemente, surgiram ainda mais alternativas. No bolo-rei de maçã de Alcobaça, a maçã ocupa o lugar de quase todos os ingredientes habituais, apresentando-se como uma alternativa de sabores. O bolo está disponível em vários pontos do país e em Alcobaça é mais fácil de encontrar na pastelaria Saraiva.
Há que referir também o bolo-rei de castanha, tradicional de Bragança, e que tem um formato diferente do tradicional, embora a massa seja igual. A inovação está em adicionar castanha em vez de fruta seca ou cristalizada (a castanha é semi-cozida para, depois de envolvida na massa, não se desfazer por completo).
Por último, há o tradicional bolo-rei – que continua a ser o mais vendido. Para se ter uma ideia, nesta época a Confeitaria Nacional, a mais antiga da baixa lisboeta, vende cerca de 25 toneladas deste bolo. A receita, trazida para Portugal em meados do século XIX, tem mais de 150 anos. E apesar de também confeccionar bolo-rainha, é o bolo-rei tradicional que continua a ser mais popular.