A oposição tinha anunciado a intenção de impedir o funcionamento do parlamento até à revogação do acordo, assinado em 2013.
Antes do início da sessão, deputados da oposição colocaram-se junto à tribuna para impedir que alguém se dirigisse à assembleia e abriram duas pequenas caixas de onde saiu gás lacrimogéneo, segundo agências internacionais.
O presidente do parlamento, Kadri Veseli, pediu aos deputados que abandonassem a sala, que entretanto ficou cheia de fumo, e convocou uma reunião de emergência com os líderes dos grupos parlamentares.
Uma centena de simpatizantes do movimento Vetëvendosje (Autodeterminação), principal partido da oposição, concentrou-se frente ao parlamento e aplaudiu quando os deputados abandonaram o edifício.
"Foi lançado gás lacrimogéneo no parlamento e temos o suficiente para bloquear as sessões que for preciso", disse aos jornalistas o vice-presidente do movimento, Glauk Konjufca.
O partido opõe-se ao diálogo com a Sérvia patrocinado pela União Europeia (UE) por considerar que ele vai comprometer a independência do Kosovo.
Na segunda-feira, a polícia kosovar dispersou com gás lacrimogéneo um protesto de dezenas de apoiantes do Vetëvendosje, que lançaram pedras contra uma esquadra onde o líder do partido, Albin Kurti, estava a ser interrogado por ter lançado gás lacrimogéneo na assembleia.
O Ministério Público anunciou hoje que foi aberto um inquérito ao líder e a um dos deputados do partido, Albulena Haxhiu, suspeitos de violarem o código penal ao "provocar um perigo geral" e por "uso de arma".
No primeiro incidente, na segunda-feira, dois deputados desmaiaram no parlamento.
O governo denunciou o "comportamento violento" e contrário às regras democráticas.
Semanas antes, a 22 de setembro, deputados da oposição lançaram ovos contra o primeiro-ministro, Isa Mustafa, impedindo-o de pronunciar um discurso sobre o diálogo com a Sérvia.
Além do Vëtevendosje, os partidos da oposição AAK e Nisma também se opõem aos acordos.
O Kosovo, antiga província sérvia de maioria albanesa, proclamou unilateralmente em 2008 a independência, que não é reconhecida por Belgrado.
Lusa/SOL