A primeira pessoa a criar o presépio foi São Francisco de Assis, na cidade italiana de Greccio, em 1223.
A ideia surgiu enquanto São Francisco lia uma das suas orações, que tinha por hábito ler todas as noites. Tratava-se de um excerto de São Lucas, que lembrava o nascimento de Cristo. Desta forma, o santo decidiu montar as figuras em tamanho real, numa gruta, na cidade italiana.
O presépio original ainda se encontra atualmente na Basílica de Santa Maria Maior, em Roma, mas no entanto já não está completo, devido ao desgaste ao longo dos anos.
Além disso, conta-se que naquela noite, enquanto São Francisco de Assiso proferia as palavras do Evangelho, acerca do nascimento do Menino Jesus, todos aqueles que se encontravam presentes viram uma criança ao seu colo, envolta num raio de luz.
