Em 2015, Francisco recebeu da comissão consultiva relativa aos abusos uma carta de uma vítima que detalhava graficamente o abuso sexual de que tinha sido alvo e o encobrimento pelas autoridades da igreja chilena. A notícia, avançada pela Associated Press (AP), adianta que, de acordo com o sobrevivente chileno Juan Carlos Cruz os membros daquela comissão na Igreja foram a Roma em 2015, especificamente para entregar a carta a um alto conselheiro papal, o cardeal Sean O´Malley.
O escândalo abalou a imagem da Igreja Católica no Chile, tendo motivado protestos aquando da recente visita do Papa ao país, foi agravado depois de Francisco ter defendido o bispo chileno Juan Barros, acusado de encobrir casos naquele país. Nomeado bispo em Março de 2015 pelo Papa, Barros foi acusado de esconder casos de abusos sexuais cometidos por Fernando Karadima quando este era pároco na igreja de El Bosque.
Durante a visita de Francisco ao Chile, de 15 a 18 de Janeiro, Barros foi o alvo de intenso escrutínio ao assumir um papel de revlevo no conjunto de actos religiosos que contaram com a presença do Papa. No último dia da sua visita, na cidade de Iquique, Francisco recusou pronunciar-se sobre o assunto, e disse que não o faria até que lhe trouxessem uma prova contra o bispo.
Já no voo de regresso a Roma, Francisco pediu desculpa às vítimas por ter usado uma expressão infeliz ao exigir que lhe fossem apresentadas provas de que Juan Barros encobriu um sacerdote condenado por abusos sexuais. É conhecida a proximidade do bispo ao reverendo Karadima, que o Vaticano considerou culpado, em 2011, de abusar sexualmente de dezenas de menores ao longo de décadas.
"Continuamos a investigar o caso de Barros, mas ainda não há provas, e foi isso que quis dizer. Não posso condená-lo, porque não há provas, e pessoalmente estou convencido de que ele é inocente", disse o Papa aos jornalistas no voo de regresso a Roma.
Após ser criticado por defender publicamente o bispo, o Papa enviou o arcebispo de Malta ao Chile para investigar as suspeitas que pendem sobre Juan Barros. Algumas das vítimas acusam-no de não apenas ter encoberto como de ter presenciado alguns dos abusos. Entretanto, um comunicado da sala de imprensa da Santa Sé confirmou que o arcebispo Charles Sciciuna, actual presidente do Colégio de Recursos para a Sessão Ordinária da Congregação para a Doutrina da Fé, foi mobilizado após terem chegado ao Vaticano "novas informações" sobre o bispo Barros, sem, no entanto, epecificar quais.
Charles Sciciuna fez a sua reputação como o "especialista mais respeitado do Vaticano" depois de ter provado os seus méritos, entre 2002 e 2012, ao investigar uma série de casos de abuso sexual de menores dentro da Igreja. O arcebispo irá conduzir o inquérito de forma a determinar se Juan Barros foi cúmplice dos crimes de Karadima, padre que abusou sexualmente de dezenas de raparigas em Santiago do Chile a partir dos anos 80.
