A comissão tem estado em gestão, sob a presidência de Fernando Soares Loja, da Aliança Evangélica, e continuado o seu trabalho de acompanhamento da aplicação da Lei da Liberdade Religiosa, emitindo pareceres e intervindo em situações em que este direito é posto em causa. Contudo, quatro dos seus onze membros iniciais já abandonaram a comissão e esta está reduzida a representantes da comunidade católica, evangélica, islâmica e judaica.
Este órgão consultivo da Assembleia da República e do Governo foi criado ao abrigo da Lei da Liberdade Religiosa e é responsável por acompanhar a sua aplicação em Portugal. Inicialmente contava com a participação de membros das várias estruturas que representam as religiões presentes no país: Conferência Episcopal Portuguesa, Aliança Evangélica, Comunidade Israelita, Comunidade Islâmica de Lisboa, Comunidade Hindu de Lisboa e Fundação Aga Khan, bem como de elementos indicados pelo Ministério da Justiça. Mas neste momento, apenas sete membros estão no activo.
Ashok Hansraj, da comunidade hindu, foi o último a sair, tendo regressado à Índia há poucos meses, não tendo sido, para já, indicado um elemento para o substituir. Além disso, a recente nomeação de Saturino Gomes, padre católico, para exercer funções no Tribunal da Rota Romana, no Vaticano, veio reduzir ainda mais a capacidade de resposta da comissão a todas as solicitações.
Ao SOL, fonte oficial do Ministério da Justiça afirmou que o presidente da comissão será nomeado em breve.
O primeiro presidente desta comissão foi José Menéres Pimentel, entre 2004 e 2007, seguindo-se Mário Soares, que esteve em funções até 2011.