Militar de etnia sérvia, Mrksic foi condenado pelo Tribunal Internacional de Haia para a ex-Jugoslávia pela tortura e morte de 194 croatas no massacre de 1991 em Vukovar.
Cumpria desde 2012 uma pena de 20 anos de prisão em Portugal, ao abrigo de um acordo anteriormente firmado entre Lisboa e Haia. Portugal é um dos 17 países preparados para receber criminosos de guerra nas suas cadeias.
Mrksic sofria de cancro e faleceu num hospital público, revelou a Direcção-Geral dos Serviços Prisionais.