As declarações do juiz Carlos Alexandre na RTP sobre o sorteio do magistrado para a fase de instrução da Operação Marquês valeram ao superjuiz um processo disciplinar por parte do Conselho Superior da Magistratura.
Recorde-se que, na entrevista, Carlos Alexandre disse que o sorteio de atribuição do processo não é 100% aleatório. "Há uma aleatoriedade que pode ser maior ou menor consoante o número de processos de diferença que exista entre mais do que um juiz."
O processo disciplinar foi logo aberto para que o juiz prestasse um “cabal esclarecimento de todas as questões suscitadas pelo juiz de instrução criminal”. Carlos Alexandre explicou que as declarações prestadas ao canal público foram descontextualizadas, como noticiou o SOL, tendo mesmo entregado uma transcrição integral das suas declarações.
No entanto, o Conselho Superior da Magistratura manteve o processo disciplinar ao superjuiz.