"Estou escandalizado por ver como aqueles refugiados e migrantes são tratados, é inaceitável", disse, em conferência de imprensa, Ban Ki-Moon.
Dezenas de migrantes conseguiram ao início da noite de hoje, depois de uma hora de confrontos, entrar na Hungria através da Sérvia.
O Governo húngaro disse que pelo menos 20 polícias ficaram feridos durante os confrontos.
Ban Ki-Moon disse ter contactado nos últimos dias vários líderes europeus, incluindo o primeiro-ministro húngaro, Viktor Orbán, para salientar a "necessidade de abordar o problema segundo as convenções internacionais dos refugiados e do direito humanitário".
"Orbán disse-me que ia fazer o seu melhor", disse.
Segundo Ban Ki-Moon, as "pessoas que fogem de guerras e perseguições devem ser tratadas com compaixão" e devem ter "assistência e abrigo".
"Devem ser tratados com dignidade humana, esta é a mensagem que repeti aos líderes na Europa e na Ásia", salientou.
Ban Ki-Moonn prestou homenagem aos países vizinhos da Síria (Jordânia, Líbano e Turquia) que acolheram centenas de milhares de sírios que fogem da guerra.
O secretário-geral da ONU felicitou também os "líderes e cidadãos de vários outros países, incluindo Alemanha, Suécia e Áustria, que abriram (as fronteiras) e mostraram solidariedade".
"Também estou grato à generosidade financeira de muitos países, especialmente Reino Unido e Kuwait", acrescentou.
Lusa/SOL