Enquanto deputada no Parlamento Europeu, Ana Gomes foi relatora de diversos relatórios e pareceres que evidenciavam a necessidade de proteção dos dados pessoais e dos dados que estão na posse das autoridades. Numa semana em que se ficou a saber-se que Rui Pinto – em prisão preventiva no âmbito do caso Doyen – invadiu mais de uma centena de vezes o email do juiz Carlos Alexandre, através de um email de um funcionário judicial, que é também vítima neste caso. A notícia foi avançada pela Sábado, que já tinha noticiado que o hacker andava a espiar o Estado Português e que intercetou emails do antigo diretor do Departamento Central de Investigação e Ação Penal e algumas comunicações da antiga Procuradora-Geral da República Joana Marques Vidal.
Ana Gomes foi uma das últimas visitas do hacker, mostrando-se perplexa com o facto de a evidência conseguida por Rui Pinto, através de intromissões ilegais. ser usada por outros países para ir atrás dos criminosos e desconsiderada por Portugal. Mas o certo é que em diversos documentos Ana Gomes sempre defendeu a proteção dos dados como uma prioridade de segurança. Num relatório de 2015 sobre o impacto da evolução dos mercados europeus de defesa nas capacidades de segurança e defesa na Europa, de que foi relatora, referia-se que «a UE tem tido cada vez mais que defrontar ameaças e desafios no ciberespaço, implicando uma ameaça grave à segurança de cada um dos Estados-membros e da UE no seu conjunto». Conclui por isso que tais ameaças devem ser «devidamente avaliadas» e que a UE deve tomar medidas de segurança técnica. No relatório instava-se «o Conselho Europeu, na reunião de junho de 2015, a abordar a necessidade de agilizar os processos de contratação e adjudicação públicas em relação à cibersegurança e de assegurar uma maior coordenação entre os Estados-membros, a fim de permitir à União enfrentar com rapidez grandes ameaças globais como o ciberterrorismo e os ciberataques».
Já em 2013, no âmbito de um parecer da Comissão dos Assuntos Externos dirigido à Comissão do Mercado Interno e da Proteção dos Consumidores sobre a proposta de diretiva do Parlamento Europeu e do Conselho relativa a medidas destinadas a garantir um elevado nível comum de segurança das redes e da informação em toda a União, de que Ana Gomes foi relatora, era sugerida a seguinte alteração: «As medidas de segurança devem respeitar os direitos fundamentais que incumbem à UE e aos Estados-Membros, em conformidade com os artigos 2.º, 6.º e 21.º do TFUE, como a liberdade de expressão, a proteção dos dados e a proteção da vida privada. Os direitos à vida privada e à proteção de dados estão estabelecidos na Carta da UE e no artigo 16.º do TFUE».
E quanto à proteção dos dados das autoridades de cada país, Ana Gomes terá tido oportunidade para se pronunciar em 2017 num relatório sobre as implicações dos grandes volumes de dados nos direitos fundamentais: privacidade, proteção de dados, não discriminação, segurança e aplicação da lei.
No que toca à segurança de grandes volumes de dados para efeitos de aplicação da lei, o relatório de que Ana Gomes foi relatora é sublinhada a «necessidade absoluta de proteger as bases de dados policiais de falhas de segurança e dos acesso ilegal, tendo em conta que tal constitui um motivo de preocupação para os cidadãos» . Acrescenta-se que o «combate a este tipo de riscos exige uma cooperação eficaz e concertada entre as autoridades responsáveis pela aplicação da lei, o setor provado, os governos e as autoridades independentes de supervisão da proteção dos dados».
Segundo foi já noticiado, atualmente as autoridades portuguesas estão a analisar a transposição para a legislação nacional a diretiva de proteção de denunciantes, algo que Ana Gomes tem defendido no caso de Rui Pinto.
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